¿Es discriminatorio que a los no hombres se les prohíba ciertas vocaciones militares, como un Navy SEAL, un zapador (ingeniero de combate), etc.

Sí, pero es correcto.
La discriminación es tratar a las personas de manera diferente en función del género, la raza, la altura, la edad, la orientación sexual o prácticamente cualquier cosa intrínseca de una persona.
Dado que los Navy Seals tratan a las mujeres y los hombres de manera diferente, es una forma de discriminación. Pero hay una muy buena razón para ello.

Las mujeres no son físicamente tan fuertes como los hombres. Algunas mujeres pueden unirse a los marines. Algunas mujeres son luchadoras de MMA. Pero cualquiera que sea el caso, un cuerpo femenino no puede llegar tan lejos físicamente como un cuerpo masculino. Construir grandes conjuntos de músculos es más fácil para los hombres que para las mujeres y un cuerpo masculino es más resistente.
Reconocer esta diferencia es necesario, porque solo las tropas de alta calidad tienen permitido ciertas vocaciones militares.

Dicho esto, también hay otras razones por las cuales las mujeres están prohibidas:
Los Navy Seals son en su mayoría hombres, incluso si se permitiera a las mujeres ingresar a los Navy Seals. Dado que los hombres son hombres heterosexuales, seguramente surgirá una disputa entre ellos por el atractivo de la mujer. Especialmente si se dejan caer detrás de las líneas enemigas y cuando no tienes a nadie más a quien recurrir que a tu equipo. Los hombres también podrían tratar de proteger a la miembro femenina del daño porque sienten la necesidad de hacerlo.
Entonces, tener un miembro femenino de un equipo de Navy Seals tiene un gran impacto psicológico en el equipo. Los machos pueden ser insensibilizados para este curso, pero eso requiere entrenamiento adicional y adoctrinamiento.