Los submarinos nucleares pueden ir durante varios años antes de que tengan que “reabastecerse de combustible”. La potencia de salida de los submarinos nucleares es tal que puede soportar tripulaciones más grandes, más equipos a bordo y, por lo tanto, un mayor alcance de tipos de misiones que un submarino diesel-eléctrico. Son extremadamente silenciosos en comparación con un submarino diesel-eléctrico en funcionamiento. La única vez que un submarino nuclear debe ascender a la superficie es reabastecer sus tiendas de alimentos.
Los submarinos nucleares son muy caros. Requieren equipos, instalaciones y conocimientos especializados para operar y mantener. Cuando se revisa el sistema de reactor del submarino, generalmente requiere que se quite y reemplace todo el compartimiento del motor (los reactores submarinos son, por diseño, una parte de la superestructura). Este es un proceso muy costoso y lento. Las barras de combustible nuclear gastadas deben almacenarse o convertirse en otro isótopo utilizable mediante “combustión” en lo que se conoce como un reactor reproductor.