El primer modelo de trabajo (¿y todavía el único?) En Alemania en la década de 1970 tenía piedras atascadas y posiblemente rotas.
Las piedras son más voluminosas y dificultarían el reprocesamiento.
Los guijarros incluyen moderador (grafito), por lo que simplemente almacenarlos en grandes cantidades vuelve a ser crítico a menos que se mezclen con un poco de veneno de neutrones. ¿Y qué pasa si el veneno de neutrones se separa?
El circonio puede derretirse a altas temperaturas. Se supone que los PBR tienen seguridad pasiva en que el enfriamiento por convección debería ser suficiente para evitar que las piedras se derritan. Por otro lado, si los guijarros se rompen y se exponen a la atmósfera, el grafito puede arder, lo que hizo que Chernobyl fuera tan difícil.
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Las barras de combustible de circonio gastadas deben enfriarse con líquido durante algún tiempo, pero después de una década más o menos podrían transferirse a barriles secos donde la convección de aire es suficiente. Sin embargo, la mayoría de los sitios aún no han hecho esto y mantienen décadas de combustible gastado en piscinas de combustible con agua borada.
Para el torio, al ciclo del torio le gusta eliminar el protoactinio-233 de la exposición a neutrones, por lo que no absorbe otro neutrón para convertirse en un U-234 inútil. No hay forma de hacer esto con los guijarros. En cambio, tendría que mantener bajo el flujo de neutrones.