TL; DR: sí, pero no de la forma en que piensas, y es difícil
Para empezar, nadie que haya hecho esto o haya analizado a fondo los sistemas militares para descubrir cómo hacerlo va a hablar de ello.
Dicho esto, cualquier computadora puede ser pirateada.
Los sistemas de propósito especial como los que usted pregunta tienen poca semejanza con los escritorios u otras computadoras de uso general. Es probable que no tengan interfaz de usuario, línea de comandos, sistemas de archivos ni soporte para programas externos. Probablemente tiene algún tipo de puerto de diagnóstico externo, un puerto de control externo y conexiones internas a otras partes del hardware. Tendría que usar eso para cambiar el firmware, omitiendo las medidas de seguridad establecidas para evitar la modificación del firmware.
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Entrar en él requeriría acceso físico, así como conocimientos especializados que probablemente solo pueda obtener mediante ingeniería inversa del sistema.
Probablemente tendrías que robar uno para tener tiempo suficiente para descubrir cómo funciona. Y eso es más fácil decirlo que hacerlo. IOW, a menos que trabajes para un gobierno, probablemente no puedas lograrlo.