Las máquinas de fusión formarán algunos desechos de nivel intermedio en forma de equipos activados desde cerca del núcleo. La longitud en que estos desechos permanecerán radiactivos dependerá de los elementos que estén presentes.
Con un poco de suerte, las plantas estarán hechas de acero inoxidable con bajo contenido de cobalto y otras cosas que no dan productos de activación de larga duración en grandes cantidades. En unas pocas décadas, la mayor parte de la actividad habrá desaparecido. Puede haber un Ni-63 de larga duración que es un emisor beta de baja energía pero muy longevo (vida media de 100 años). Es probable que las partes centrales usadas de tales máquinas se eliminen como desechos activos.
Mucho dependerá del diseño, con la elección correcta del diseño será posible desmontar los reactores con menos producción de residuos. Por ejemplo, la cueva para el reactor debe tener paredes cubiertas de ladrillos en lugar de ser de hormigón sólido fundido como un gran bulto.
La razón es que la mayoría de los productos de activación deben estar en los ladrillos encima del concreto, al eliminar los ladrillos que no son parte de un muro de carga en el edificio, será posible eliminar gran parte de la radiactividad inducida sin tener que derribar todo el edificio o hacer modificaciones costosas al edificio. Esto permitirá que el edificio se reutilice con mayor facilidad.
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También el concreto del edificio y como muchas cosas deben cubrirse con una capa de algo como el óxido de boro, la idea es que esto despedazará las cosas para evitar la activación de neutrones. Estaría tentado a usar una serie de tanques de agua de plástico llenos de solución de borato. Esto formará un muy buen escudo contra la activación de neutrones y puede ser drenado al final de la vida de la planta.