Los siguientes son los principales desarrollos en el caso Malegaon 2008:
- Las explosiones tuvieron lugar el 29 de septiembre de 2008 cerca de Bhikku Chowk en Malegaon, Maharashtra. Casi simultáneamente, ocurrió otra explosión en Modasa, Gujarat. La explosión tuvo lugar en la víspera de Navaratri.
- 7 personas fueron asesinadas en Malegaon, y un niño de 15 años perdió la vida en Modasa. Un total de 80 personas resultaron heridas. Las explosiones fueron similares a una explosión que ocurrió en Nueva Delhi solo 3 días antes de esto.
- Se instalaron dos bombas de baja intensidad en una motocicleta Hero Honda y se aparearon para detonar en Malegaon. La motocicleta utilizada más tarde llevó a la policía al acusado.
- Inicialmente, se sospechaba que las explosiones eran obra de extremistas musulmanes. El Escuadrón Antiterrorista de Mumbai fue desplegado para ayudar a la policía de Malegaon en la investigación. El equipo de ATS fue dirigido por el jefe de ATS, Hemant Karkare, quien luego fue asesinado en el ataque del 26/11 por terroristas Lashkar-e-Tayyaba con sede en Pakistán en Mumbai.
- A través del ciclo motor utilizado, el ATS reunió evidencia que apuntaba a la participación de grupos extremistas hindúes detrás del ataque. El 24 de octubre de 2008, la policía arrestó a 3 personas en relación con la explosión: Sadhvi Pragya Singh Thakur, Shiv Narayan Gopal Singh Kalsanghra y Shyam Bhawarlal Sahu.
- La investigación adicional sugirió la participación de otros grupos hindúes en la explosión. Los nombres de organizaciones como Rastriya Jagran Manch, Sharda Sarvagya Peeth, Hindu Rashtra Sena y Abhinav Bharat aparecieron en la investigación y se realizaron arrestos adicionales de personas vinculadas a estas organizaciones.
- El 4 de noviembre de 2008, el ATS arrestó al teniente coronel Prasad Shrikant Purohit, un oficial del ejército en servicio, por su participación en la explosión. Para entonces, el asunto había tomado un giro político, con el BJP y el Shiv Sena acusando al ATS de tener motivos políticos detrás de los arrestos y acusando al Congreso de usar el ATS para obtener ganancias políticas.
- La investigación de ATS reveló que varios de los acusados pueden haber estado involucrados en otros actos de terrorismo, incluida la explosión de Modasa en Gujarat, la explosión de Malegaon de 2006, la explosión de Mecca Masjid en Hyderabad en 2007 y la explosión de Samjhauta Express en 2007. Los fiscales presentaron cargos bajo la Ley de Control de Delincuencia Organizada de Maharashtra, que exige que el tribunal haya tomado conocimiento de dos hojas de cargos anteriores contra uno o más de los acusados.
- En julio de 2009, el tribunal especial que trató el caso retiró los cargos de la MCOCA debido a que cuando se presentó la hoja de cargos para Malegaon 2008, no se tomó conocimiento del acusado en los otros casos. En 2010, el Tribunal Superior de Bombay restauró los cargos de la MCOCA al afirmar que se tiene conocimiento de un delito, no de un acusado, y, por lo tanto, en este caso, dado que ya se había tomado conocimiento de los otros delitos, MCOCA podría aplicar.
- El 15 de abril de 2015, la Corte Suprema anuló la orden de Bombay HC y retiró los cargos de MCOCA, declarando que apenas había evidencia contra el acusado en los casos anteriores. También solicitó al HC que constituya un tribunal especial para juzgar al acusado y comenzar el juicio lo antes posible.