Hipotéticamente: ignorar cualquier cosa antes del evento; ¿Superman habría permitido el bombardeo de Nagasaki e Hiroshima?

Si estuviéramos en el Universo DC tal como existía antes de 1986 …

Superman, en su encarnación original, apareció por primera vez en público en 1938 como un adulto joven, por lo que se puede suponer (si envejece al mismo ritmo que los terrícolas) haber aterrizado en Smallville unos pocos años antes de 1920.

Fue representado como un fuerte oponente de los Poderes del Eje, aunque por razones que más tarde se refirieron a su historia (no pregunte), no participó en la Segunda Guerra Mundial ni ninguno de los otros miembros de la Sociedad de la Justicia.
Como no pudo proyectar su poder más allá de nuestras costas, no habría podido detener la misión o hacerla innecesaria agarrando a Tojo por el cuello y volando a Washington con él.

Esa es la respuesta dentro de los límites de la continuidad de DC Comics.

En cuanto a si una figura genérica de Superman, recién llegada a la Tierra, hubiera permitido las miserias de la Segunda Guerra Mundial (incluyendo, supongo, no solo los dos bombardeos nucleares, sino también los horrores de los campos de exterminio en Europa, las bombas incendiarias tanto de Alemania como de Japón, los bombardeos y los ataques con misiles contra Gran Bretaña, el comportamiento subhmán del ejército japonés en todos los lugares donde tomó prisioneros o los rigores de la guerra invernal en Rusia) ocurren, creo que podría haber decidido echar una mano.
O podría haber decidido que no merecíamos su atención y haber ido a buscar un planeta civilizado para vivir.