Los reactores nucleares están diseñados para ser a prueba de fallas. Es decir, si algo sale mal, el sistema pasa a un estado seguro. Una forma de hacerlo es tener las barras de control sostenidas sobre el reactor con electroimanes. Si hay una pérdida de potencia, los electroimanes fallan y las barras de control caen en el reactor, deteniendo la reacción en cadena.
Sin embargo, simplemente detener la reacción no es suficiente. Todavía hay mucho calor emitido con el que tiene que lidiar (eso fue lo que salió mal en Fukushima: la reacción se detuvo automáticamente tan pronto como se detectó un gran terremoto, y ese sistema funcionó perfectamente, pero los sistemas de enfriamiento fallaron y el reactor rápidamente comenzó a sobrecalentarse). Tienden a tener sistemas de respaldo que son muy simples, algunas bombas de agua básicas que funcionan con generadores diesel, por lo que un EMP no va a causar un gran problema con ellos.